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英格兰足球协会全国联赛前身是在1979年创建的“联盟超级联赛”（Alliance Premier League），意图在英格兰足球联赛之下建立一个全国性的足球联赛，分别从北部超级联赛（Northern Premier League）及南部联赛（Southern League）中吸纳球队加入，大大改善低级别球队的素质及财政收入。于1986年英格兰足球联赛认同足球协会全国联赛，准许球队从其最低的级别（当时的丁组）与足球协会全国联赛接轨，直接升级或降级开始实行。

自2002/03年赛季开始足球协会全国联赛再增加一个升级席位，透过附加赛与联赛冠军一并升上足球联赛。以前如升级球队的球场设施不符规定将取消升级，同年开始如有此情况出现，升级席位可转移到合适的球队。2004/05年赛季足球协会全国联赛增加两个下级组别——足球协会北部联赛及足球协会南部联赛，成为当年足球协会全国联赛榜尾三队需降级往北部联赛或南部联赛。但2006年足球协会全国联赛由22队增加到24队，2005/06年赛季采用降二升四（南、北各两队）。由2006/07年赛季开始实行降四升四。 赛季　　联赛冠军附加赛冠军1979-80　　阿尔特林汉姆　　/1980-81阿尔特林汉姆/1981-82　　伦科恩/1982-83恩菲尔德/1983-84梅德斯通联/1984-85维尔德斯通　　/1985-86恩菲尔德　　/1986-87斯卡布鲁/1987-88 林肯城/1988-89梅德斯通联/1989-90达灵顿/1990-91巴尼特/1991-92科尔切斯特联/1992-93韦康比流浪者　　/1993-94基德明斯特/1994-95马科斯菲尔德/1995-96斯蒂芬纳奇/1996-97马科斯菲尔德/1997-98哈利法克斯/1998-99切尔滕汉姆/1999-00　　基德明斯特/2000-01鲁斯顿钻石/2001-02波士顿联/2002-03耶奥维尔唐卡斯特流浪者2003-04切斯特城什鲁斯伯里2004-05　　巴尼特卡利斯尔联2005-06阿克灵顿赫雷福德联2006-07　　达根汉姆莫雷坎比2007-08奥尔德肖特埃克塞特城2008-09伯顿托基联2009-10斯蒂芬纳奇牛津联　　2010-11克劳利AFC温布尔顿2011-12　　弗利特伍德约克城2012-13曼斯菲尔德纽波特郡2013-14卢顿剑桥联